نینجا، کار رسمی خود را در المپیک 1964 که در ژاپن برگزار می شد شروع کرد. "ماساکی هاتسومی" یکی از چند متخصص باقی مانده نینجا در ژاپن است. نینجا نسبت به خیلی از هنرهای رزمی مثل کندو، kyudo و Naginata برتری دارد. همچنین با استفاده از تکنیک های کشتی و بوکس یکی از پیشگامان جودو و کاراته شد.
اگر یک کودک در یک خانواده نینجا متولد شود، آموزش نینجوتسو برای او از همان دوران کودکی آغاز می شود. این هنر از پدر به پسر منتقل می شود و باعث می شود که تعدادی از قبایل و دسته های بزرگ نینجا بوجود آیند. و از اسرار آن قبیله به دقت محافظت می شود. بسیاری از اسرار و ترفندهای آنان در بین خودشان باقی می مانند و به خارج از گروه یا قبیله درز نمی کند و برای دیگران نا شناخته است.
نینجا کارها تحت آموزش های سفت و سخت، تکنیک های نینجوتسو را در اردوگاههای مخفی که معمولا در کوه ها قرار داشتند یاد می گرفتند. آموزش نینجوتسو بیشتر بر مهارت استفاده از شمشیر، تیر و کمان و نیزه متمرکز شده بود. همچنین آنها تمرینات سنگینی از جمله بالا رفتن از دیوار، عبور از رودخانه، و استفاده از ابزارهای ویژه را انجام می دادند. آنها همچنین یاد میگرفتند که چگونه به سوارکاران خبره ای تبدیل شوند.
"سیکوفوجیتا" که ادعا میشد استاد 14 مدرسه نینجوتسو بود میگفت: یک نینجا کار می تواند مسافت بین توکیو و اوزاکا که حدود 350 مایل است را در مدت 3 روز طی کند. یک نینجا کار به منظور بهبود مهارت، در سرعت راه رفتن، با تکیه بر بدن خود آن را به جلو متمایل می کند تا بتواند سرعت و تعادل بیشتری داشته باشد.
همچنین آموزش نینجوتسو شامل راه رفتن با کفش های چوبی بر روی یخ برای پیدا کردن تعادل کمر می باشد. کفش های نینجا به پارچه پنبه مجهز شدند تا رزمی کار به راحتی بتواند با آنها بدود و پرش های بلندی انجام دهد. در پیاده روی اگر یک نینجا کار از کنار یک ساختمان عبور می کرد، برای آنکه شناخته نشود پشت خود را به آنجا می کرد.
آنها در ورود به قلعه دشمن بسیار مهارت داشتند و ساعت های طولانی را صرف تمرین بالا رفتن از دیوار می کردند. آنها قادر بودند که پرش های بلندی در پشت بام ها انجام دهند.همچنین در بالا رفتن از دیوارها و عبور از نرده ها مهارت خاصی داشتند. آنها ادعا می کردند که بعضی از نینجا کارها می توانند پرشی به اندازه 7 متر داشته باشند.
دومین جنبه آموزش نینجا، جنبه ذهنی و روانی آن بود. آنها در مقابله با مشکلات بزرگ و پیچیده از عقل خود کمک می گرفتند. آنها یاد گرفتند که بینش و درک و غرایز خود را را تا جایی که مافوق بشر به نظر برسند توسعه دهند . Heishichiro Okuse که 4 کتاب در مورد نینجوتسو نوشته است در آخرین کتاب خود به عنوان "رازهای نینجوتسو" می گوید: راز افکار و استراتژی های نینجاکارها این است که آنها هیچ چیز را غیر ممکن در نظر نمی گیرند و با قدرت ذهنی که دارند بر همه مشکلات غلبه می کنند. او جنبه های روانی نینجوتسو را به عنوان کلیدی برای موفقیت حرفه ای می داند.
یکی از جنبه های جالب ترین نینجوتسو kuji-kiri است که به آنها کمک می کند در لحظات خطر خود را کنترل کنند. در تمرینات kuji-kiri با 81 روش مختلف نینجا می توان انگشتان خود را به هم گره کرد.این روش نه تنها اعتماد به نفس را بالا می برد بلکه قدرت درونی نینجا کار را در لحظات خطر و نا امیدی افزایش می دهد.